Dans Aquaria , les joueurs incarnent des membres passionnés d'une association d'aquariophiles, déterminés à posséder le meilleur aquarium du club. Chaque joueur s'occupe de son propre aquarium, qui abrite différentes espèces de poissons et de plantes aquatiques.

Tout au long de la partie, les joueurs achèteront de nouveaux poissons, les nourriront et maintiendront leurs aquariums en parfait état. Ils pourront également montrer leur progression dans leurs études d'aquariophilie en suivant les pistes de l'encyclopédie. Le gagnant est celui qui a le plus de points à la fin de la partie.